Le contrôle phytosanitaire a pour objectif d'éviter l’introduction sur le territoire national de nouveaux organismes potentiellement dangereux dites de quarantaine et à limiter leur propagation d’une zone à une autre, par la vérification au niveau des postes frontières de l’état phytosanitaire des végétaux et produits végétaux importés, par la surveillance sanitaire des cultures à l’intérieur du pays et par la préservation de la qualité des produits à l’exportation.

En effet, le transport et en particulier le commerce de matériel végétal de multiplication ont pour conséquence que des organismes nuisibles sont parfois introduits par inadvertance. Ces introductions sont généralement sans conséquences, mais ces organismes peuvent parfois s'établir dans le pays et conduire à des dommages souvent considérables à l'agriculture et à la nature, en menaçant les équilibres naturels par une forte reproduction. Par conséquent, il est logique d‘agir à titre préventif et d'empêcher l'introduction de ces organismes ou tout du moins, à en endiguer la dissémination. La réglementation nationale sur la police sanitaire des végétaux et produits végétaux fixe les mesures à entreprendre pour éviter autant que possible la dissémination des organismes nuisibles en établissant une liste d'organismes contre lesquels des mesures de prévention et de lutte s’imposent. Etant donné le coût élevé des mesures préventives et leur impact négatif sur le commerce, seuls les plus importants sont pris en considération. Il s’agit d’organismes qui causent des dommages agricoles avérés, dont la dissémination peut être combattue efficacement. Les organismes qui sont déjà bien implantés ou qui ne sont pas combattus officiellement n'appartiennent pas à cette liste, d’où les organismes de quarantaine.

Toutefois, le système de contrôle phytosanitaire est composé de deux éléments:

• un cadre juridique et des outils d’appui technique;
• une organisation officielle, en occurrence les services de la protection des végétaux appartenant à l’Office National de Sécurité Sanitaire des Produits Alimentaires, dotée de ressources et d’infrastructures suffisantes, chargés de faire fonctionner ou de superviser le système de contrôle.

Le cadre réglementaire donne le pouvoir juridique aux services de la protection des végétaux pour exercer leurs fonctions de contrôle de santé végétal, de prendre les mesures auxquelles les végétaux et produits végétaux importés, exportés ou circulant à l’intérieur du pays doivent être conformes, et de mettre en œuvre des mesures d’urgence en cas d’apparition d’organismes nuisibles à caractère calamiteux ou en cas de risques potentiel d’introduction dans le territoire national d’organismes nuisibles de quarantaine. 

D’autre part, les services de la protection des végétaux sont chargés d’appliquer les obligations prises par notre pays dans le cadre de la Convention Internationale pour la Protection des Végétaux (CIPV) qui comprennent les responsabilités en matière de la délivrance de certificats phytosanitaires à l’export, la gestion de la surveillance de foyers et de la lutte contre des organismes nuisibles, la conduite d’inspection, de tests de laboratoire et, au besoin, la désinfection des envois de végétaux et produits végétaux, l’assurance de la sécurité phytosanitaire des envois depuis la certification jusqu’à l’exportation, l’établissement et la protection de zones exemptes d’organismes nuisibles, l’analyse du risque phytosanitaire, la formation et la valorisation des ressources humaines. De ces responsabilités découlent des fonctions dans des domaines tels que l'administration, l'audit et la vérification de conformité, les mesures en cas de non-conformité, l'action d'urgence, le règlement des différends. Des exigences sont également prescrites en matière de liaison internationale et nationale, de documentation et de communication.

Les contrôles phytosanitaires  à l'importation, à l'exportation et à l'intérieur du pays visent à prévenir l'introduction et la propagation d'organismes nuisibles dangereux susceptibles d'engendrer des pertes directes ou indirectes sur le patrimoine végétal national par:

• A l'importation, les contrôles phytosanitaires s’effectuent aux points d’entrée et visent à éviter l’introduction des organismes nuisibles des végétaux et produits dans le territoire national;
• A l'exportation, les contrôles phytosanitaires  visent à s’assurer du respect de la réglementation du pays de destination en matière de santé des végétaux et produits végétaux;  
• A l’intérieur du pays, la surveillance sanitaire  vise à garantir l'état sanitaire des végétaux et les produits végétaux au cours de leur production, de leur circulation et de leur plantation;
• Au niveau des pépinières, le contrôle sanitaire vise à l’application de la réglementation en vigueur afin d’éviter la propagation des organismes nuisibles à partir des produits végétaux destinés à la plantation.